La presidenza, la rappresentanza legale e la direzione dell’Opera Pia Stabilimenti Spagnoli In Italia è a carico dell'ambasciatore di Spagna presso la Santa Sede, che agisce con il titolo di governatore dell’Opera Pia. Attualmente è la signora Maria Isabel Celaá Diéguez. 

Il Ministro Consigliere della stessa Ambasciata funge da Vice Presidente. In quanto organo collegiale di governo e amministrazione esiste un consiglio, che è responsabile dell'adozione di qualsiasi misura e decisione che possa servire a soddisfare meglio gli scopi del lavoro pio.

Il consiglio è composto dal Governatore come Presidente, dal Ministro Consigliere come Vice Presidente e da 5 membri: il Rettore della Chiesa Nazionale di Santiago e Montserrat, il Rettore di San Pietro in Montorio, due spagnoli residenti a Roma, nominati dal Consiglio su proposta del Governatore e di un diplomatico dell'Ambasciata di Spagna presso la Santa Sede, che fungerà da Segretario. Tutti i membri devono essere spagnoli e mantenere la loro posizione in qualità onoraria e libera.

Il direttore partecipa alle riunioni del consiglio, con voce, ma senza voto.