La Presidencia, representación legal y dirección de la Obra Pía Establecimientos Españoles en Italia está a cargo del Embajador de España ante la Santa Sede, que actúa con el título de Gobernador de la Obra Pía. Actualmente es la Excma. Sra. Dña María Isabel Celaá Diéguez.

El Ministro Consejero de la misma Embajada actúa como Vicepresidente. Como ógano colegiado de gobierno y administración existe una junta, a la que compete la adopción de cuantas medidas y decisiones puedan servir para el mejor cumplimiento de los fines de la Obra Pía.

La junta está compuesta por el Gobernador como Presidente, por el Ministro Consejero, como Vicepresidente y por 5 Vocales: el Rector de la Iglesia Nacional de Santiago y Montserrat, el Rector de San Pietro in Montorio, dos españoles residentes en Roma, designados por la Junta a propuesta del Gobernador y un diplomático de la Embajada de España ante la Santa Sede, que actuará como Secretario. Todos los miembros han de ser españoles y desempeñan su cargo a título honorífico y gratuito.

El Director asiste a las reuniones de la Junta, con voz, pero sin voto.